Le origini della chiesa e del convento dei Cappuccini risalgono al 1637, quando i frati abbandonarono il convento sulle pendici del lago di Nemi, per l'insalubrità del luogo situato sul versante occidentale del cratere.
       Alcuni contrasti con Mario Frangipane, signore di Nemi e l'intervento diretto del papa Urbano VIII° convinsero i monaci a rinunciare all'idea di costruire il nuovo convento in territorio nemese e a rispondere all'invito del duca Giuliano Cesarini di trasferirsi a Genzano. In questo modo Giuliano si aggiudicava l'oppurtunità di organizzare un fulcro importante del geniale progetto delle " triangolazioni viarie" delle olmate, che in quel periodo lo stesso duca andava elaborando. Il progetto fu affidato dal papa Urbano VIII° a Frà Michele di Bergamo, cappuccino fabbriciere, che in precedenza aveva ideato la chiesa ed il monastero dei cappuccini ad Albano (1619) e procedette rapidamente, tanto ce nel 1640 era terminato il convento e nel 1641 la chiesa, che però venne solennemente consacrata solo nel 1643. Esso è da porre in relazione alle ricerche sul tema della integrazione tipologico-spaziale tra l'impianto a sviluppo longitudinale e quello a matrice centrale che, nel primo 600 romano, vedrà impegnati autori come Girolamo Rainaldi (1570-1655) il santa Teresa a Caprarola (1620) e Francesco PAvarelli (1585-1641) con la chiesa di san Caio a Roma. Quest'ultimo attivo anche a Genzano nel palazzo ducale e nella chiesa di s. Maria della Cima, intorno agli anni 40 del 1600.