Le origini storiche dei Colonna sono avvolte dall'oscurità. Qualche storico ritiene che fossero venuti dalla Germania, altri che discendessero dai conti tuscolani.
Il primo esponente della famiglia di cui abbiamo notizie storiche è PIETRO, signore di Monteporzio con l'appellativo "de Columna" (inizio del sec. XII).
Le grandi famiglie romane traevano ricchezza e potenza dal favore dei pontefici; la loro influenza si accresceva, quando qualcuno dei loro membri entrava nel collegio dei cardinali o assumeva l'ufficio di senatore di Roma, onori che i Colonnesi ebbero più volte. Primo dei cardinali Colonnesi fu GIOVANNI, abate di S. Paolo, nominato cardinale di S. Prisca da Celestino III nel 1193, che divenne poi cardinal vescovo di Sabina nel 1205.
Con i cardinali GIACOMO e PIETRO Colonna, la storia della famiglia acquista un interesse universale. Quando il 13 dicembre del 1294 Celestino V fece il gran rifiuto; Giacomo e Pietro Colonna diedero il loro voto al cardinal Benedetto Caetani il quale prese il nome di Bonifacio VIII. Ma presto tra il pontefice e i due cardinali scoppiò una fiera discordia, di cui varie sono le ragioni: da una parte il carattere del pontefice, dall'altra le relazioni dei due cardinali con Filippo il Bello e con Federico III di Sicilia, nemici di Bonifacio VIII.
L'ira del pontefice traboccò quando il 3 maggio del 1297 STEFANO Colonna, fratello di cardinal Pietro, postosi in agguato nella via di Albano, s'impadronì del tesoro del papa che veniva trasportato da Anagni a Roma. Bonifacio pretese la restituzione del tesoro e la consegna di Stefano e dei possedimenti di Palestrina, Zagarolo e Colonna. Il tesoro fu restituito, ma alle altre richieste i Colonna rifiutarono di consentire.
Bonifacio condannava allora i Colonnesi e i loro discendenti fino al 4° grado. La parola era alle armi. I Colonna fossero costretti nel settembre 1298 a consegnare al papa anche l'ultimo e il più forte rifugio, Palestrina, che fu rasa al suolo. La famiglia fu dispersa: la sua potenza spezzata. Ma il 7 settembre 1303 SCIARRA Colonna, fratello di Pietro, fu autore con G.de Nogaret del famoso "oltraggio di Anagni". In conseguenza del trauma e dell'offesa ricevuta il Pontefice ne morì da lì a un mese (11 ottobre). Spariva così il grande nemico dei Colonnesi.
Nel conclave di Perugia fu eletto pontefice il 5 giugno del 1305 Clemente V; il nuovo papa annullò tutti i processi intentati contro i Colonnesi, e restituì ai due cardinali i loro diritti.
L'antica rivalità dei Colonna con gli Orsini, che sembrava sopita, riscoppiò nel 1309, quando, in una zuffa fra Orsini e Colonna cade il conte dell'Anguillara, e furono fatti prigionieri sei degli Orsini.
Nel 1339 STEFANO il Vecchio fu portato in Campidoglio da una sommossa popolare. Nel 1347, durante la repubblica romana, Cola di Rienzo fece però uccidere diversi esponenti dei Colonna.
Nel 1417 ODDONE Colonna fu eletto papa col nome di Martino V dal Concilio di Costanza col quale si pose fine allo scisma d'Occidente (ritorno definitivo della sede pontificia da Avignone a Roma).
Sotto il pontificato di Sisto IV le antiche lotte fra Colonna e Orsini ricominciarono: a stento il pontefice poté ristabilire la quiete nel aprile del 1481. Ma il dissidio si riaccese più aspro nel 1484. Mentre tutto il Lazio era pieno di ruberie e d'incendi, in Roma il palazzo dei Colonna fu spianato fino alle fondamenta, e il quartiere dei colonnesi devastato. LORENZO ODDONE Colonna, sottoposto alla tortura, fu poi decapitato in Castel S. Angelo. Ma la guerra fra Colonnesi, guidati da Prospero e Fabrizio Colonna, ed Orsini partigiani del papa seguitò.
Guastatisi dunque nuovamente i rapporti col Papato, i Colonna appoggiarono la discesa in Italia di Carlo VIII (1494), ricevendone in cambio feudi ed onori. La storia dei Colonna fu da allora strettamente legata alla storia del regno di Napoli, specialmente per opera di PROSPERO e
FABRIZIO Colonna. ASCANIO, figlio di Fabrizio, prese parte con l'esercito imperiale all'assalto e al sacco di Roma del 1527.
Fin oltre la metà del sec. XVI i Colonna furono pericolosi avversari dei papi. Sedato appena il conflitto tra Paolo III e Ascanio, un più grave conflitto portò il figlio di Ascanio, MARCANTONIO II, il glorioso capitano di Lepanto di parte imperiale, a lottare contro Paolo IV (1476-1559) avverso gli Asburgo. Paolo IV scomunicò ancora una volta i Colonna e li privò dei domini.
Il conflitto con Paolo IV fu l'ultimo sostenuto dai Colonna contro la Chiesa. Dal pontificato di Pio IV in poi, essi servono fedelmente la Santa Sede, pur conservandosi insieme fedeli a Spagna.